Im Bauernkrieg 1525 spielte Wilhelm IV. auf Grund seines schwankenden Verhaltens um der eigenen Vorteile Willen eine eher unrühmliche Rolle. Sehr um die Stabilisierung seines Landes bemüht, schuf er 1539 eine eigene Hennebergische Landesordnung, die in weiten Teilen über lange Zeit Gültigkeit behielt. Einen Teil der Regierungsverantwortung trat er 1543 an seinen Sohn Georg Ernst ab. Im Erbvertrag zu Kahla 1554 regelte er die Nachfolge im Falle des Aussterbens der Henneberger. 1559 starb Wilhelm IV. im 81. Lebensjahr nach 64 Jahren Regierungszeit.
Von seinen 14 Kindern mit Anastasia von Brandenburg (1480-1534), es verstarben 5 im Kindesalter, trat schließlich Georg Ernst die Nachfolge seines Vaters an.
Der letzte Graf von Henneberg Georg Ernst (1543-1583) kam am 27.05.1511 in Schleusingen zur Welt und wurde im jugendlichen Alter in Königsberg und an den Höfen Wilhelms von Jülich und des Landgrafen Philipp von Hessen erzogen. Mit letzterem nahm er 1530 am Reichstag zu Augsburg teil. Später in Kaiserlichen Diensten stehend, zeichnete sich Georg Ernst vor allem im Feldzug gegen die Türken 1542 aus, in welchem er Herzog Moritz von Sachsen (1521-1553) das Leben rettete. An dieses Ereignis erinnert noch heute die Wetterfahne auf dem Schleusinger Kirchturm Kreuz und Halbmond. 1543 heiratete er Elisabeth von Braunschweig-Lüneburg (1526-1566), eine überzeugte Protestantin. Eine seiner ersten großen Aufgaben als Mitregent seines Vaters war 1544 die Einführung der Reformation in der Grafschaft Henneberg. Georg Ernst sah seine Hauptaufgabe vor allem in der inneren Sicherung seines Landes. Neben der Festigung der Reformation gehört zu seinem Hauptverdienst die Gründung des Hennebergischen Gymnasiums in Schleusingen im Jahre 1577. Mit dieser hennebergischen Landesschule hat sich der letzte Henneberger ein bleibendes Denkmal gesetzt.
1566 nach dem Tod seiner Frau veranlasste Georg Ernst die Verlegung der Familienbegräbnisstätte von Kloster Veßra in die Ägidienkapelle nach Schleusingen.
1568 vermählte er sich ein zweites Mal mit der 37 Jahre jüngeren Elisabeth von Württemberg (1548-1592), deren Standbild heute den Schleusinger Marktbrunnen ziert.
Georg Ernst starb als letzter seines Geschlechts am 27.12.1583 unterhalb der einstigen Stammburg im Dorf Henneberg.
Die Gefürstete Grafschaft Henneberg mit seiner Residenz Schloss Bertholdsburg ging zunächst in die gemeinschaftliche Verwaltung der Ernestinischen und Albertinischen Erben über, fiel 1660 an die Albertinische Nebenlinie Sachsen-Naumburg-Zeitz und nach deren Aussterben 1718 endgültig an Kursachsen. 1815 verlor Sachsen dieses Gebiet an Preußen.